Supone una estabilidad deportiva del fútbol en Burgos ante la poca duración que tuvieron los anteriores clubes que trataron de surgir en la ciudad. Tras el parón que vivió el fútbol español por la guerra civil, el equipo retomó la actividad y en la temporada 1941/42 queda campeón del grupo de la Primera Regional de la Federación Astur-Montañesa. Esta temporada sobresalió la figura de Vicente Unamuno, que disputó 26 encuentros, entre Liga, Copa, anotando la cifra de 24 goles.
